Анатомията на прилеп включва муцула, ноздри, брадичка, филтрум, устни, зъби, език и различни устни структури като небе и увула. Долната челюст е мандибула.
Прилепите имат големи уши с пинеи, трагус и антитрагус. техните крила са образувани отпатагиум и включват предрамо, рамо, радиус, улна, карпус, метакарпус, фаланги и пръсти. Краката и стъпалата включват калканеус, тарсус, метатарсус и пръстени кости. Някои прилепи също имат опашка от позвъници.