Много чистопородни породи кучета имат медицински състояния, превалиращи в техните породи. Бернският планински куче е склонен към няколко от тези генетични състояния.
Дисплазия на колене/лъктове
Дисплазия на колене и дисплазия на лъктове, състояния, които причиняват дегенерация в ставите, са известни в породата. Признаците включват хромане, трудности при встване и болка в областта на става.
Малигнен хистиоцитоза
Малигната хистиоцитоза са злокачествени тумори, открити при 25 процента от популацията на бернски планински кучета. Тези тумори инфилтрират белите дробове, лимфните узли, костния мозък, скурач и черен дроб. Това е агресивен, бързо се разпространяващ рак.
Надмъчение/Торсия
Надмъчението, или Гастрично дилация и волвулус, е животозастрашително състояние, при което стомахът се пълни с изгладнат въздух и натиска други органи и диафрагмата. Торсията е когато стомахът се завърти по време на надмъчение, прерязвайки кръвоснабдяването на стомаха.
Прогресивна ретинна атрофия
Прогресивната ретинна атрофия е наследствено разстройство, което причинява прогресивна дегенерация на ретината; очите са генетично програмирани да заслепят. Няма излечение.
Болест на фон Вилебранд
Болезь на фон Вилебранд е разстройство, което смесва сверкване на кръвта. То води до излишно кровотечение след траума или операция, и може да причини вътрешно кровотечение, кровотечение на десните и кръв в урината.