Генотипът на немски овчар варира. Чести примери включват:
- EE Bb Dd (черна коза, кафяв ноз, доминантно плямо)
- Ee Bb Dd (черна коза, кафяв ноз, рецесивно плямо)
- ee bb Dd (кафява коза, кафяв ноз, доминантно плямо)
- ee bb dd (кафява коза, черен ноз, рецесивно плямо)
Тези комбинации влияят на цвят и маркировка на козината, макар че много други генотипи са възможни.