HMS Beagle не е наименуван на бийгъл породата куче. Произходът на името на кораба не е напълно ясен, но съществуват няколко обяснения:
- Името може да произхожда от застарела староанглийска дума „beagle“, означаваща малък кораб или чук, използвана още от 14-ти век за леко въоръжени разузнавателни и снабдителни кораби.
- Може да е вдъхновено от пролива Beagle, тесен воден път между Чили и Аржентина, наименуван от британски изследователи в края на 18-ти век.
- Някои историци предполагат, че името е повлияно от гаваница Beagle в Австралия, наименувана от британски изследователи през 1838 г., току-що преди HMS Beagle да тръгне за своя известен път.