- Името на кораба може да се извлече от остарелата стара английска дума „бигъл“, което означава малък кораб или корабна лодка. Тази дума е използвана още от XIV век, за да се отнася до малък, леко въоръжен кораб, който се използва за разузнавателни и носещи пособия.
- Друго възможно обяснение е, че името е вдъхновено от канала на Бийгъл, тесен воден път, разположен между Чили и Аржентина. Каналът е наречен от британски изследователи в края на 18 век и е възможно името на HMS Beagle да бъде избрано във връзка с тази географска характеристика.
- Някои историци също предполагат, че името на HMS Beagle може да е било повлияно от пристанището на Бийгъл в Австралия. Пристанището се намира на Северната територия и е кръстено от британски изследователи през 1838 г., малко преди HMS Beagle да започне известното си пътешествие.