Проблеми с зрението
Според „Водник на ветеринари за симптомите на вашето куче“ (Майкл С. Гарви, DVM, и др., 1999) миниатюрните шнауцери са склонни към ювенилни катаракти, прогресивна ретинална атропия и проблем с очите, които не растат до нормален размер.
Болести
Според „Пълен vodник на ASPCA за кучета“ (Шелдон Л. Герстенфелд, VMD, 1999) миниатюрните шнауцери могат да бъдат склонни към болест на Фон Вилебранд (където кръвта има трудности да се сърде), бъбрен болест и болест на Лег-Пертес (където кръвообръщението към краката внезапно спря).
Полови проблеми
Понякога мъжките миниатюрни шнауцери имат проблеми, засягащи половите им органи, като тестикулите никога не качват или са деформирани.
Други проблеми
Други често срещани проблеми включват сулзични разстройства, инфекция на длъжните фоликули (наричана фоликулар дерматит), хипотироидизъм и пулмонична стеноза, сърдечна малформация.
Най-чести
Според „Енциклопедия на кучешките породи“ (2-то издание) (Д. Каролин Колие, PhD, 2005) най-честите здравни проблеми при миниатюрни шнауцери са прогресивна ренална атропия и бъбрен камъни.