Y хромозомата съдържа ген, наречен SRY ген, който кодира протеин, който е от съществено значение за развитието на мъжете. SRY генът е разположен на късата рама на Y хромозомата и присъства при всички мъже, но не и при жените.
Когато генът на SRY е включен, той задейства каскада от събития, която води до развитието на мъжки репродуктивни органи. Тези събития включват образуването на тестисите, производството на тестостерон и диференциацията на външните гениталии в мъжки структури.
При липсата на ген на SRY, ембрионът ще се развие в женска. Това е така, защото женската репродуктивна система е пътят по подразбиране за ембриони. При жените яйчниците развиват и произвеждат естроген, а външните гениталии се различават в женските структури.