Въпреки това, от времето на Уитакър, напредъкът в молекулярната биология и генетика доведе до по -дълбоко разбиране на еволюционните връзки между организмите. В резултат на това някои биолози твърдят, че системата от пет Кингдома е прекалено опростена и не отразява точно многообразието и сложността на живота на Земята.
Една от основните критики на системата от пет Кингдом е, че тя се основава предимно на морфологични и екологични характеристики, а не на еволюционните отношения. Това може да доведе до изкуствени групировки на организми, които не са тясно свързани. Например, Protista Kingdom е категория за улов, която включва голямо разнообразие от организми, които не споделят общ прародител.
Друга критика на системата от пет Кингдом е, че тя е твърде твърда. Това не позволява лесно настаняване на нови открития и не отразява динамичния характер на еволюционните отношения.
Като алтернатива на системата за пет кралство, някои биолози предлагат да използват по-гъвкава система за класификация, базирана на еволюционни отношения. Този подход, известен като филогенетична систематика, използва молекулярни данни за конструиране на филогенетични дървета, които показват еволюционните връзки между организмите. Филогенетичните дървета могат да се използват за идентифициране на монофилетични групи, които са групи, които включват общ прародител и всички негови потомци.
Използването на филогенетична систематика доведе до разпознаването на нови групи организми и преразгледано разбиране на еволюционните връзки между живите организми. Например, откриването на археите, група от едноклетъчни организми, които се различават както от бактериите, така и от еукариотите, доведоха до предложението на система за класификация на шест в кралство.
В обобщение, някои биолози твърдят, че концепцията за пет кралства е остаряла и че са необходими по -сложни системи за класификация, за да се разбере по -добре многообразието и еволюцията на живота.