Фрегатптиците са близо до върха на хранителната верига и имат малко традиционни хищници, защото са големи и ловки.
Потенциални заплахи включват:
* По-големи хищни птици: Орли или ястреби биха могли да вземят гнездомлади или ослабени индивиди.
* Хора: Загуба на жилище, замърсяване и прихващане при риболов са значителни рискове.
* Паразити: Кърлежи, въшки и чревен червеи могат да засегнат здравето.
* Бури и време: Екстремни събития могат да причинят наранявания или смърт.
В цялост, фрегатптиците са добре приспособени, с повечето заплахи идващи от човешката дейност и случайни опортунистични хищници.