Загуба на обитание: Основната причина за застрашения статут на пчеления колибри е загубата на неговото естествено обитание. Пчеленият колибри обитава в облачни гори, които са силно заплашвани от изчистване на гори за земеделие, дървосечене и човески селища.
Климатични промени: Климатичните промени са друг значителен фактор, допринасящ за застрашения статус. Повишаването на глобалните температури и променящите се метеорологични модели влияят на екосистемата на облачните гори, променяйки обитанието и хранителните източници на колибрите.
Прекомерно събиране за търговия с домашни любимци: В миналото пчеленият колибри беше улаван и продаван в търговията с домашни любимци. Въпреки че тази практика е значително намаляла, все още заплашва дивите популации.
Поради тези фактори популацията на пчеления колибри е преживяла бърз спад, водейки до класифицирането му като застрашен вид. Опазателни усилия, като защита на обитание и пощадjanje, са критични за оцеляването на пчеления колибри и запазване на неговото уникално обитание.