Филипинският орел се базира на гигантските си ловни способности, физическа мощ и приспособливост за изживяване и самозащита в естествената си среда. Ето основните начини за самозащита:
* Мощен полет: Невероятно силни крила и опорено тяло – маневрени и мощен полет за бягство от заплахи.
* Остри когти и клюн: Мощни когти за хващане и фатални удари; изкривен и бритва-остр клюн за раздърпане на месо и отбрана при атака.
* Камуфлаж: Тъмни перки за отличен камуфлаж в гъстата гора, където живяят – скрити от хищници или добыв.
* Високо гнездо и перч: Гнездата са над 10 м в високи дървета – stratégique позиция за наблюдение и по-трудно достъпни за хищници.
* Солитарна натура: Солитарни същества с голям домейн – намалява срещи с конкуренти/заплахи.
* Мощни вокализации: Гласни, високо пичовани повици за комуникация, очертаване на територия и уплашване на натрапчици.
* Избягване на заплахи: Като повечето диви животни, избягват директно противостояние – разчитат на остро зрение и мощен полет за бягство, а не за физически бой.
Въпреки тези механизми, филипинският орел се сблъсква с заплахи – загуба на обитание, браконьерство, човешка дейност. Консервационните усилия са критични за запазване на популацията и обитанието му.