Мухите дишат чрез система от малки дупки, наречени стигми, които се намират по страните на техните тела. Въздухът влиза през стигмите и пътува през мрежа от малки тръбички, наречени трахеи, които се разклоняват към различни части на тялото. Кислородът дифузира от трахеите в тъкане на мухата, докато въглероден диоксид дифузира навън.
Тази дихателна система се нарича отворена трахеална система и е често срещана сред насекомите. Стигмите могат да се отварят и затварят, което позволява на мухата да контролира потока на въздуха в и извън тялото. Това е важно за поддържане на правилен кислероден баланс и за предотвратяване на загуба на вода.
Мухите имат висок метаболизъм и имат нужда от много кислород за поддържане на енергийните си нужди. Отворената трахеална система им позволява да дишат ефективно и да поддържат високо ниво на активност.